CEMiTool

DOI:10.18129 / B9.bioc.CEMiTool

共表达式模块识别工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CEMiTool包以全自动的方式统一了共表达基因模块的发现和分析，同时提供了一个用户友好的html报告，具有高质量的图表。我们的工具评估模块中是否包含被特定途径过度代表的基因或在特定样本组中被改变的基因。此外，CEMiTool能够整合转录组数据和交互组信息，识别每个网络上的潜在枢纽。

作者:Pedro Russo [aut]， Gustavo Ferreira [aut]， Matheus Bürger [aut]， Lucas Cardozo [aut]， Diogenes Lima [aut]， Thiago Hirata [aut]， Melissa Lever [aut]， Helder Nakaya [aut, cre]

维护者:Helder Nakaya

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CEMiTool”)

超文本标记语言	R脚本	CEMiTool:共表达模块识别工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,转录组,mRNAMicroarray
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	方法,尺度,dplyr,data.table(> = 1.9.4),WGCNA、网格ggplot2,ggpmisc,ggthemes,ggrepel,系统网络体系结构(sna),clusterProfiler,fgsea,stringr,knitr,rmarkdown,igraph,DT,htmltools,pracma,鹰图， grDevices, utils，网络,matrixStats,ggdendro,gridExtra,gtable,fastcluster
链接
建议	testthat,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CEMiTool_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	CEMiTool_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CEMiTool_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CEMiTool_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CEMiTool
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CEMiTool
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CEMiTool/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CEMiTool/
软件包下载报告	下载数据