ASURAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.ASURAT

单单元数据的功能注释驱动的无监督聚类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ASURAT是一款单细胞数据分析软件。使用ASURAT，人们可以同时在细胞类型、疾病、生物过程和信号通路活性方面进行无监督聚类和生物学解释。ASURAT通过输入单细胞RNA-seq数据和基于知识的数据库，如细胞本体(Cell Ontology)、基因本体(Gene Ontology)、KEGG等，将基因表达表转换为原始的多元表，称为样本符号矩阵(sign-by-sample matrices, SSMs)。

作者:Keita Iida [aut, cre]，威比萨纳[ctb]

维护者:饭田凯太

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“ASURAT”)

超文本标记语言	R脚本	ASURAT
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，GeneSignaling，测序，SingleCell，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors，Rcpp(> = 1.0.7),集群跑龙套,plot3D，ComplexHeatmap，circlize，网格，grDevices，图形
链接	Rcpp
建议	ggplot2，TENxPBMCData，dplyr，Rtsne，修拉，AnnotationDbi，BiocGenerics，stringr，org.Hs.eg.db，knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
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全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	ASURAT_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ASURAT_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	ASURAT_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ASURAT_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ASURAT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ASURAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ASURAT/
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