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ANCOMBC
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ANCOMBC
微生物组差异丰度及相关分析与偏差校正
Bioconductor版本:发行版(3.16)
ANCOMBC是一个包含微生物组数据差异丰度(DA)和相关分析的软件包。具体来说，该软件包包括:用于DA分析的微生物组组成分析2 (ANCOM- bc2)、用于偏差校正的微生物组组成分析(ANCOM- bc)、用于相关性分析的微生物组组成分析(ANCOM)和用于相关性分析的微生物组之间相关性稀疏估计(SECOM)。微生物组数据通常受到两个偏差来源的影响:不平等抽样分数(样本特定偏差)和差异测序效率(分类单元特定偏差)。ANCOMBC包中包含的方法旨在纠正这些偏差并构建统计上一致的估计值。
作者:黄林[cre, aut]
维护者:黄林
引文(从R内，输入引用(“ANCOMBC”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“ANCOMBC”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 安共体 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | ANCOMBC |
| 超文本标记语言 | R脚本 | ANCOMBC2 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 西科姆 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，微生物组，归一化，测序，软件 |
| 版本 | 2.0.2 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.2.0) |
| 进口 | 米娅统计数据,CVXR，DescTools，Hmisc，质量，Rdpack，S4Vectors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment，doParallel，doRNG，dplyr，emmeans，能源，foreach，lme4，lmerTest，magrittr，nloptr平行,rlang，rngtools，宠物猫，tidyr,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，DT，脱字符号，微生物组，tidyverse |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC |
| BugReports | https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | benchdamic，microbiomeMarker |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ANCOMBC_2.0.2.tar.gz |
| Windows二进制 | ANCOMBC_2.0.2.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | ANCOMBC_2.0.2.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | ANCOMBC_2.0.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ANCOMBC |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ANCOMBC/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ANCOMBC/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
