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DOI:10.18129 / B9.bioc.exomeCopy

从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异

Bioconductor版本:Release (3.5)

检测拷贝数变异(CNV)从外显子组测序样本，包括未配对的样本。该包实现了一个隐马尔可夫模型，该模型使用位置协变量，如背景读取深度和GC-content，同时将样本归一化并分割为常量拷贝计数的区域。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:Michael Love

安装

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文档

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browseVignettes(“exomeCopy”)

PDF	R脚本	外显子组测序数据中的拷贝数变异检测
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(6年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools
进口	stats4、方法GenomeInfoDb
链接
建议	Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	cn.mops，CNVPanelizer，contiBAIT，Rariant，SomaticCancerAlterations
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	exomeCopy_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	exomeCopy_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	exomeCopy_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/
软件包下载报告	下载数据