zellkonverter

DOI:10.18129 / B9.bioc.zellkonverter

scRNA-seq对象之间的转换

Bioconductor版本:版本(3.17)

提供的方法在Python AnnData对象和SingleCellExperiment对象之间进行转换。这些是主要用于下游Bioconductor包包装使用Python单细胞数据分析的方法。它还包括函数来读取和写入H5AD文件用于AnnData对象保存到磁盘。

作者:路加福音Zappia (aut (cre)亚伦Lun (aut)杰克·卡姆(施),Robrecht Cannoodt[所有]( rcannood)

在lazappi.id.au维护者:卢克Zappia <路加福音>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zellkonverter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“zellkonverter”)

HTML	R脚本	/从AnnData SingleCellExperiments转换
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,SingleCell,软件
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	矩阵,蛇怪网状,SingleCellExperiment(> = 1.11.6),SummarizedExperiment,DelayedArray、方法、S4Vectors跑龙套,cli
链接
建议	anndata,BiocFileCache,BiocStylecovr,HDF5Array,pkgload knitr rmarkdown,rhdf5,scRNAseq、拼写、testthat withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/theislab/zellkonverter
BugReports	https://github.com/theislab/zellkonverter/issues
取决于我	OSCA.intro
进口我	singleCellTK,伶盗龙
建议我	cellxgenedp,HDF5Array
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	zellkonverter_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	zellkonverter_1.10.1.zip
macOS二进制(x86_64)	zellkonverter_1.10.1.tgz
macOS二进制(arm64)	zellkonverter_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zellkonverter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zellkonverter
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/zellkonverter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zellkonverter/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档