冠军

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP

Illumina HumanMethylation450和EPIC芯片分析甲基化管道

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包包括质量控制指标，标准化方法的选择和新方法，以确定差异甲基化区域和突出拷贝数的变化。

作者:袁田[cre,aut]， Tiffany Morris [ctb]， Lee Stirling [ctb]， Andrew Feber [ctb]， Andrew Teschendorff [ctb]， Ankur Chakravarthy [ctb]

维护人员:袁田

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“冠军”)

超文本标记语言	R脚本	ChAMP:芯片分析甲基化管道
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumber，DNAMethylation，MethylationArray，微阵列，归一化，软件，TwoChannel
版本	2.28.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)，minfi，ChAMPdata(> = 2.6.0),DMRcate，Illumina450ProbeVariants.db，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，DT，RPMM
进口	prettydoc，Hmisc，globaltest，股东价值分析，illuminaio，rmarkdown，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，limma，DNAcopy，preprocessCore，嫁祸于，marray，西瓜，plyr，goseq，missMethyl，kpmt，ggplot2，GenomicRanges，qvalue，isva，doParallel，bumphunter，quadprog，闪亮的，shinythemes，情节(> = 4.5.6),RColorBrewer，dendextend，matrixStats，combinat
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChAMP_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	ChAMP_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ChAMP_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChAMP
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ChAMP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChAMP/
软件包下载报告	下载数据