单
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleR
基于参考的单细胞RNA-Seq注释
Bioconductor版本:Release (3.15)
根据单细胞RNA测序数据进行无偏倚的细胞类型识别，利用纯细胞类型的参考转录组数据集独立推断每个单细胞的细胞起源。
作者:Dvir Aran [aut, cph]， Aaron Lun [ctb, cre]， Daniel Bunis [ctb]， Jared Andrews [ctb]， Friederike Dündar [ctb]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内，输入引用(“单”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“单”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 注释scRNA-seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 注释,分类,聚类,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | SummarizedExperiment |
| 进口 | 方法,矩阵,S4Vectors,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocNeighbors,BiocParallel,BiocSingular，统计，utils，Rcpp,beachmat、并行 |
| 链接 | Rcpp,beachmat |
| 建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocGenerics,SingleCellExperiment,天窗,嘘,食物,scRNAseq,ggplot2,pheatmapgrDevices,gridExtra,冬青,celldex |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/LTLA/SingleR |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/ |
| 全靠我 | OSCA。先进,OSCA。基本,OSCA。multisample, OSCA.workflows |
| 进口我 | singleCellTK |
| 建议我 | tidySingleCellExperiment |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SingleR_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SingleR_1.10.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | SingleR_1.10.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingleR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SingleR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
